На основе полученных количеств пар рассчитаны веса аминокислотных замен для трех пар аминокислот: Для этого выбераны три аминокислоты. Первая пара аминокислот — это первая из выбранных аминокислот сама с собой (E), а две другие пары — первая со второй (H) и первая с третьей (V).
Сначала выбраны Количества замен аминокислот из матрицы замен для трех аминокислот (E,H,V). Далее посчитаны Частоты замен (отношение Количества замен аминокислот к их общему количеству), а также Вес замены (отношение частоты замены к произведению частоты пар кислот, то есть: E-E , E-H , E-V)
Расчет весов замен аминокислот